室韋之蒙古部發跡於斡難河之時本來沒有文字[a]。1204年，成吉思汗征討乃蠻之時，乃蠻掌印官畏兀兒人塔塔統阿雖然被俘，卻依然守着國家的印信。成吉思汗非常嘉許其忠於自己國家的行為，遂命他掌管蒙古的文書印信，並教授太子、諸王畏兀字（回鶻字母）以書寫蒙古語[1]，蒙古人至此時便採畏兀字以記錄蒙古語。
1269年，元世祖委託國師八思巴另製八思巴字作為元朝的官方文字。雖然詔令屢下，當時的蒙古人仍喜用回鶻式蒙古字母，八思巴字遂轉以轉寫他族語音。至明朝取代元朝後，八思巴字便罕見有人使用了。蒙古本土的蒙古人仍以回鶻式蒙古字母為正宗。
16世紀，因為蒙古人開始普遍信奉佛教，廣譯遍傳佛經，所以古典蒙古文字藉由佛經的流通而普及至全蒙古地區，之後便定型，甚至在16～17世紀之交促成了蒙古之文藝復興。在這之前書寫蒙古語的部分缺失，皆改進之。此時引入許多藏語、梵語之內典用語，豐富了原始蒙古語的詞彙，取代一部份蒙古人在草原上單獨使用的用語。1587年，喀喇沁翻譯者阿尤希固什為了便於轉譯藏、梵語音，修改舊有字母，創製了阿禮嘎禮字母。該字母系統可以表達所有的藏、梵語語音，且可以表達諸蒙古語所無之輔音群。此時部分古語遂棄而不用。學界謂此時之書面蒙語為古典蒙古語。
清代亦取鑑蒙古字體，創滿文以書滿語。二者字型相似，故能觸類旁通。此後自17世紀末至18世紀，古典蒙古語得以充分發展。北京、內蒙古之木版印刷業俱盛，諳蒙古語之帝王或者是藏族法師都參與編纂辭典、語法書等。
又1648年衛拉特蒙古和碩特部僧侶咱雅班第達亦根據衛拉特蒙古語的發音，在回鶻式蒙古字母的基礎上改良創製出「托忒蒙古字母」（todo mongɣol），但此新字體只通行於準噶爾人中[b]，東蒙古未有採用。
1686年，喀爾喀僧侶扎納巴扎爾仿造藏文梵字，創造索永布字母，共有字母90個，左起橫書，一樣能精確表達藏、梵語，以及蒙古語的語音。索永布字母非常漂亮，寺院經常以此加以裝飾，只可惜此字體寫起來比八思巴字還不方便，因此罕用於社會上。同年扎那巴扎爾另造橫書方塊字，通行於喀爾喀各處之佛寺間。
20世紀初，曾有蒙古文拉丁化之議，當時卻未付諸實行。1946年之後，由於蘇聯的影響，蒙古人民共和國改以西里爾字母拼寫喀爾喀蒙古口語。而中華人民共和國內蒙古則仍採傳統蒙古字母。
1990年蒙古人民共和國改為蒙古國後，恢復傳統蒙古字母的官方地位，但使用量仍不如以西里爾字母拼寫的蒙古文。同時傳統蒙古文存在巨大缺陷，拼寫規則復雜難於掌握，多個音位使用相同字母造成混淆，且作為世界上唯一一個仍在使用的豎排文字[來源請求]（實際上已經有橫排寫法），日常使用極不方便。蒙古民主化後的首任總統彭薩勒瑪·奧其爾巴特上任後發布第一號總統令，計劃在1994年放棄西里爾文字，全民改用傳統蒙文，但未能實現。[2]1990年，蒙古國部長會議作出了《關於組織全民學習傳統文字的活動》的決議。1992年，蒙古國國家大呼拉爾作出了政府部門逐步恢復使用回鶻式蒙古文字的決定，但由於種種原因，未能落實。2008年，蒙古國政府頒布了「2008年—2015年蒙古文字國家計劃2」，向教育文化科學部等部門下達任務，要求恢復和擴大回鶻式蒙古文的使用。2010年，時任蒙古國總統查希亞·額勒貝格道爾吉頒布命令，規定蒙古國總統、國家大呼拉爾（議會）主席、總理以及政府官員等在與外國同級別官員進行交流時，公文和信函必須使用回鶻式蒙古文，並附當事國或聯合國任一工作語言的翻譯文稿；蒙古國公民的出生及結婚證明、各級教育機構頒發的相關證件、畢業證書等必須同時使用回鶻式蒙古文和西里爾蒙古文。[3][4]
2020年3月18日，蒙古國政府通過《蒙古文字國家大綱》（蒙古語：Монгол бичгийн үндэсний хөтөлбөр III），決定從2025年起全面恢復使用傳統蒙古文，國家公務中同時使用西里爾字母蒙古文和傳統蒙古文；新聞出版部門到2024年前必須同時用雙文發布內容。[5]然而無論是政府還是民間社會西里爾字母仍然在蒙古國廣泛使用，遠高於只作為文化象徵的傳統文字。[6]